La MJCS adhère à la déclaration des principes de la Confédération des MJC de France. Elle adhère sans réserve aux valeurs de l’éducation populaire : coopération, solidarité, laïcité et ouverture culturelle, en participant à un projet social visant à l’émancipation de l’individu, en promouvant la citoyenneté pour permettre à chacun d’être acteur responsable au sein de la société, en valorisant ses initiatives.
Elle est ouverte à tous, sans discrimination. Respectueuse des convictions personnelles, elle s'interdit toute attache à un parti, un mouvement politique, une confession et à tout mouvement à caractère sectaire. La MJCS respecte le pluralisme des idées et les principes de laïcité mis en avant dans les valeurs républicaines. Elle contribue à la création et au maintien des liens sociaux sur le territoire.